Après le retrait russe, les Moudjahidines s’affrontent. Ces seigneurs de guerre, financés par les Etats-Unis pour résister aux Soviétiques, veulent s’emparer du pouvoir. La guerre civile dure jusqu’au milieu des années 90.
Entre 1979 et 1992, Elle provoque la fuite de 6 millions d’Afghans, un cinquième de la population. La plupart trouvent refuge au Pakistan. D’autres, les déplacés internes, s’installent dans des camps en Afghanistan.